獺金杯的清洗消毒是與本縣「財團法人晨光社會福利基金會附設妙妙屋庇護工場」合作，以專業的機械清洗及烘乾消毒設備，經過預洗、高溫清洗、烘乾消毒等三步驟完成清洗，並建立完整品管制度。
環保局依環保署「循環（外借）杯良好服務指引」及食藥署「餐具清洗良好作業指引」，定期進行澱粉殘留物、油脂殘留物、洗潔劑殘留物、大腸桿菌、蛋白質殘留檢驗，以確保使用者衛生安全無虞。
水槽、去除廚餘並使用40~50°C熱水浸泡及簡單沖洗
洗碗機、加入高溫清潔劑，清洗流程包含高溫高壓水刀及使用熱水清洗
消毒櫃、使用高溫105°C蒸汽殺菌及熱風烘乾
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