| 業務職掌
金門縣環境保護局局本部及各課、室掌理事項：
局本部：
- 局長：綜理局務；指揮監督所屬員工。
- 副局長：襄助局務及文書校稿。
行政科： 行政業務、綠色採購、環境教育、環保公園維護、道路揚塵、流動公廁。
空氣保護科：低碳島業務、空氣污染防制、噪音污染管制、非游離幅射、空品淨化區。
水質保護科： 水污染防治、土壤污防治、海洋污染防治、飲用水檢驗、環境用藥及毐化物管理、環境品質檢驗、公害糾紛陳情處理、環境影響評估。
廢棄物管理科：廢棄物管理與規劃、廢棄物處理場（廠）營運之管理、資源回收、環境衛生、天然災害環境復原、清潔人員督導。
會計室： 依法辦理歲計、會計，並兼辦統計事項。
人事室：依法辦理人事管理事項。
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