歷史沿革
金門溯自晉至代開島以降，迄今一千六百餘年，唐朝派牧馬監陳淵蒞島墾荒牧馬，宋元兩代也不外屯要塞，養馬，征鹽，明清兩代戰禍不斷，浯島常為兵員佔據作為練兵養息，反攻之跳板。
民國四年設立縣治，依縣誌所載，金門衛生機構，在抗戰以前未聞焉。
迨民國三十四年抗戰勝利後始成立金門縣衛生院於金城鎮模範街，民國三十八年因中國大陸告警停止縣治而撤銷，曾一度由民間慈善團體改辦為平民診所，未幾復納入行政公署，改稱為衛生事務所，民國三十九年九月又改為金門公醫事務所，於民國四十二年隨縣治恢復為福建省金門縣衛生院，民國四十五年遷至金湖鎮現址。民國六十五年一月奉行政院修編核定金門縣衛生院併附設醫院編制。
由於時代進步，政府宣佈解除戒嚴，同時金門地區戰地政務實驗終止，民國八十一年十二月七日奉准設立「福建省金門縣衛生局暨縣立醫院」，自此以後金門縣才有直接推動公共衛生的專責機構。同時「福建省金門縣衛生局」奉令兼辦環境保護業務，民國八十二年七月份起有關本縣環保事項移由「福建省金門縣衛生局」辦理。民國八十九年三月一日正式成立「福建省金門縣環境保護局」。民國九十三年二月二十一日依修正之「金門縣政府組織自治條例」，免冠上「福建省」文字，實名「金門縣環境保護局」。
